Organ podatkowy, działając na podstawie art. 169 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązany jest wezwać wnoszącego podanie do usunięcia braków formalnych, pod rygorem pozostawienia podania bez rozpatrzenia. Przy ocenie wniosku o przywrócenie terminu, organ musi uwzględnić okoliczności wskazujące na brak winy w uchybieniu terminu, a w przypadku ich braku – wezwać stronę do przedłożenia stosownych dowodów

Czynności sprawdzające obejmują nie tylko analizę formalną dokumentów, ale również ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami, zgodnie z art. 272 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Organ podatkowy jest uprawniony do żądania od podatnika przedstawienia dokumentów i złożenia wyjaśnień w ramach postępowania sprawdzającego.