Jak ustalić podstawę opodatkowania z tytułu dzierżawy, gdy dzierżawca ponosi nakłady, o które obniżamy cenę

PROBLEM

Firma A. (Wydzierżawiający) zawarła wieloletnią umowę dzierżawy zabudowanej budynkiem biurowo-magazynowym nieruchomości z firmą B. (Dzierżawca). Obie firmy są podatnikami VAT czynnymi. W umowie dzierżawy określono wolnorynkową wartość miesięcznego czynszu, która wynosi 10 000 zł netto. Jednak Dzierżawca obowiązany jest płacić Wydzierżawiającemu ryczałtowy miesięczny czynsz dzierżawny w wysokości 1000 zł netto. Zgodnie z umową dzierżawy Dzierżawca samodzielnie ponosi opłaty za media (np. prąd, wodę, CO itd.). Ryczałtowa kwota czynszu (do zapłaty) została zgodnie ustalona przez strony ze względu na konieczne nakłady i ulepszenia, które musi poczynić Dzierżawca. Ogólna wartość nakładów ma wynieść 1 mln zł brutto. Czy podstawą opodatkowania usług dzierżawy nieruchomości będzie kwota miesięcznego ryczałtowego czynszu dzierżawy, tj. 1000 zł netto?