Metoda oszacowania zobowiązania podatkowego jest dopuszczalna, gdy przedsiębiorstwo nie dostarcza kompletnych wyjaśnień oraz wiarygodnej dokumentacji. Określenie podstawy opodatkowania w drodze oszacowania niesie za sobą ryzyko, że nie będzie dokładnie odzwierciedlało stanu rzeczywistego, jednak ryzyko to ponosi podatnik, który prowadzi ewidencję w sposób nierzetelny.

Przedsiębiorcy prowadzący działalność zwolnioną z podatku dochodowego zarówno na podstawie zezwolenia strefowego, jak i decyzji o wsparciu nowej inwestycji, mogą prowadzić wspólną dla nich ewidencję przychodów i kosztów.

Transakcje przeniesienia znaków towarowych między powiązanymi podmiotami muszą mieć charakter rynkowy i być ekonomicznie uzasadnione, aby koszty z nimi związane mogły być uznać za koszty uzyskania przychodów. Osiągnięcie korzyści podatkowych nie jest wystarczającą podstawą do ich uznania za takie.